يعمل مكتب التنظيم والتأهيل على الإشراف على الجوانب التنظيمية في الهيئات الإدارية ، كما  يشرف على إعداد الذاتيات والوثائق للقيادات الطلابية والاتحاديين في المكتب الإداري ،ويعمل على تأهيل الأطر النقابية القيادية و الإشراف على الجوانب النقابية و التنظيمية لأعضاء الاتحاد في الهيئات التابعة للمكتب الإداري والعمل على متابعة تنفيذ خطط الاتحاد التنظيمية .

إعداد الدراسات والنشرات النقابية والتنظيمية وتقديم الاقتراحات اللازمة لتطوير البنية التنظيمية والنقابية في المكتب الإداري بإشراف الاتحاد ، و الإشراف على منتدى التنظيم والتأهيل الذي يعمل على الطلب من  جميع الزملاء إملاء الاستمارات للمشاركة في المنتدى .